Na de verdrijving van het Spaanse garnizoen uit Kasteel Vredenburg sloot Utrecht zich aan bij de Opstand tegen koning Filips II. De eerste jaren daarna was er sprake van godsdienstvrijheid, maar in 1580 werd de katholieke kerk als instelling verboden. Het gereformeerd protestantisme (of calvinisme) was voortaan de officiële religie. Mensen waren vrij in het hebben van een persoonlijke overtuiging (ook als die katholiek was), maar katholieke instellingen mochten niet meer bestaan. Dat had ernstige consequenties voor de geestelijke ridderorden, zoals de Johannieters en de Duitse Orde.