Na de storm van 1674 bleven de puinhopen van het ingestorte deel van de Domkerk anderhalve eeuw liggen. Pas in de jaren 20 van de 19de eeuw werden die geruimd in het kader van een grote restauratie onder leiding van de Belgische architect Tieleman F. Suys (1783-1861). Hij liet door stadsbouwmeester F.C.E. van Embden een maquette maken. Het handwerk is vermoedelijk van J. Nieuwenhoven. In 1836 werd de Domtoren getroffen door de bliksem. De gemeenteraad stelde gedeeltelijke afbraak voor, maar de burgemeester koos voor restauratie. Architect L.M. Koens maakte met Nieuwenhoven deze maquette. Ze staan opgesteld in de werkelijke verhouding tussen kerk en toren.

De Domtoren is al vanaf de bouw in de veertiende eeuw hét symbool van Utrecht. Zelfs toen hij nog maar half af was, kwamen bezoekers van heinde en verre op de toren af. De toren maakte deel uit van een ambitieus bouwproject: een kathedraal naar voorbeeld van de Franse gotiek. De eerste steen werd gelegd in 1254, maar het project werd enkele malen stilgelegd vanwege geldgebrek. In 1517 gebeurde dat opnieuw, maar nu definitief. Het schip (het lange gedeelte tegen de toren aan) bleef onvoltooid. De steunberen, de luchtbogen en het gewelf ontbraken nog. Daardoor had het hoge, ranke gebouw een zwakke constructie.

Oorspronkelijk was de toren verbonden met de kerk, maar op 1 augustus 1674 veranderde dat in één klap, letterlijk. Een verwoestende tornado trok die dag door de stad. Het schip van de kerk stortte in. Het gapende gat in het nog overeind staande deel van de kerk werd dichtgemetseld. Het onderhoud aan de resterende kerk en de toren hield  niet over en zichtbaar verval trad op. Rond 1825 was het duidelijk dat een ingrijpende restauratie noodzakelijk was. Kerk en toren hadden inmiddels een andere eigenaar. De toren was, net als de meeste Nederlandse kerktorens, overgegaan in handen van de overheid om gebruikt te worden voor het nieuwe communicatiesysteem, de telegraaf. De hervormde gemeente was eigenaar geworden van de kerk.

Het was de hervormde gemeente die het initiatief nam tot de ingrijpende restauratie, waarvoor de Belgische architect Tieleman F. Suys werd ingehuurd. Die kreeg ook de opdracht om de kerk beter geschikt te maken voor de eredienst. Het was er koud en de akoestiek was slecht. Voor de restauratie liet Suys door stadsbouwmeester F.C.E. van Emden een maquette maken van linden- en esdoornhout . Het handwerk is vermoedelijk van J. Nieuwenhoven. De maquette is zo gedetailleerd dat zelfs de dominee op de preekstoel zichtbaar is. Suys ontwierp een houten binnenkerk in de vorm van een amfitheater, later de ‘hoedendoos’ genoemd. Voor de bouw daarvan moest er in de pilaren en de muren worden gebroken. Hij ontwierp ook een nieuwe ingang, in de volksmond de ‘puist van Suys’ genoemd. In 1836 werd de Domtoren getroffen door de bliksem. De gemeenteraad stelde gedeeltelijke afbraak voor, maar burgemeester H.M.A.J. van Asch van Wijck koos voor restauratie. Architect L.M. Koens maakte met Nieuwenhoven voor dat doel een esdoornhouten maquette, die net als die van de kerk als stedelijk eigendom in de collectie stadsgeschiedenis van het Centraal Museum is gekomen.