Keizer Karel V heeft een belangrijke rol gespeeld in de geschiedenis van de Duitse Orde, een geestelijke ridderorde. Hij steunde de orde in de crisis die de Reformatie en de afval van de grootmeester veroorzaakten. Voor de Balije Utrecht werd hij de soeverein. Hij bezocht het Duitse Huis in 1540 en in 1546. In dat laatste jaar logeerde hij er ook en leidde in het huis een vergadering van de ridders van het Gulden Vlies, een exclusieve ridderorde. Daarom is het luxehotel dat nu in het hoofdgebouw zit naar hem genoemd: Hotel Karel V.
